Compétence légale du Conseil Général, la mise en oeuvre d'une politique d'Espaces Naturels Sensibles (ENS) vise à protéger, gérer et ouvrir au public (les espaces naturels présentant une valeur patrimoniale sur le plan écologique ou paysager). Cette action est financée par la Taxe Départementale des Espaces Naturels Sensibles.

Le Conseil Général mène cette politique en partenariat avec les communes, les groupements de communes, l'Etat et les acteurs concernés. Elle s'est traduite par l'acquisition de terrains (environ 1300 ha), l'aménagement et la gestion de divers sites (environ 7000 ha) ainsi que l'entretien des sentiers de randonnées. Pour lui permettre d'assurer la maîtrise foncière des terrains, le Conseil Général a mis en place avec l'appui des communes concernées, environ 2500 ha de zone de préemption.   La gestion des sites est confiée dans le cadre d'une convention pluriannuelle de 5 ans à des associations avant vocation à la préservation de ces Espaces. Le contrôle et la surveillance des actions de gestion sont réalisés par le Conseil Général au moyen d'une brigade de gardes.

La conservation du patrimoine naturel Parallèlement à l'implication du Conseil Général dans la gestion des réserves naturelles relevant d'une décision de l'Etat comme la Réserve Naturelle de la Roche Ecrite ou la Réserve Naturelle Volontaire de la forêt de Sainte ,Marguerite, la collectivité est également associée à la création du Parc National des Hauts de l'île et de la Réserve Marine qui sera créée sur le littoral Ouest et Sud de l'île. Partenaire du Conservatoire de L'Espace Littoral et des Rivages Lacustres, le Conseil Général s'est associé à ce dernier pour la création d'un écomusée du sel à la Pointe au Sel et finance par ailleurs la gestion des terrains (environ 740 lia) acquis par cet organisme.